Az osztály elsősorban talajkémiai degradációt, talajjavítást és tápanyagellátást érintő kutatási programok megvalósításán keresztül látja el tudományos feladatát.
A talajdegradáció komplex folyamat, amelynek során csökken a talajok és a termőfelületek nagysága, defektusok lépnek fel a talajfunkcióban; kedvezőtlen változások történnek a talaj anyagforgalmi, vízgazdálkodási és ökológiai folyamataiban; csökken a talajtermékenysége; a talajok mezőgazdasági hasznosíthatósága nehezebbé válik, növekednek a termelési költségek; fokozódik a toxikus anyagok felhalmozódása a talajban, élelmiszerekben; elszennyeződnek az élővizek és az ivóvízkészletek.
A degradált, vagy eredendően kedvezőtlen tulajdonságú talajok javításának egyik lehetősége a nem veszélyes és/vagy biohulladékok alkalmazása, amikor is a hasznosításukból származó kedvező hatás kiaknázása mellett minimalizálni szükséges a bennük rejlő környezeti kockázatot. A hulladék elnevezés gyakran jogi kategória és nem jellemzi ezen anyagok valós hasznosíthatóságát, sőt azok környezeti kockázata gyakran tévesen megítélt.
A korszerű növénytáplálásnak meg kell felelnie az alábbiaknak: talajtermékenység fenntartása, a talaj tápanyag ellátottságának optimális szintre való növelése és megőrzése; a növénytáplálás optimális talaj ellátottsági szinten sem lehet környezetszennyező; gazdaságos és hatékony tápanyag gazdálkodást kell folytatni, a mindenkori termékminőség iránti igények figyelembe vételével.
A Talajkémiai és Anyagforgalmi Osztály olyan kutatási területekkel foglalkozik, mint a talajkémiai degradáció, az az a talajok szerves anyagának mennyiségi és minőségi változásával, a sófelhalmozódással, talajsavanyodással, a szerves és szervetlen szennyezők talajban és a talaj-növény rendszerben való mozgásával, transzformációijával, reakcióinak feltérképezésével. Foglalkozik továbbá hulladékhasznosítással, az az vizsgálja a talajjavításra és/vagy alternatív tápanyag utánpótlásra is megfelelő hulladékok alkalmazhatóságát. Központi kutatási terület a talajok tápelem ellátottságának és a trágyahatások kapcsolatának vizsgálata, a környezetkímélő trágyázási szaktanácsadási rendszer továbbfejlesztése. Az osztályhoz tartozó kutatók egyaránt felhasználják a laboratóriumi, talajoszlopokon és tenyészedényekben végzett növénykísérletek, kisparcellás és üzemi szabadföldi kísérletek és terepi felvételezések által nyújtott eredményéket.